Разработан ПЦР-тест, определяющий штаммы коронавируса

Британские ученые разработали метод аллель-специфической зондовой полимеразной цепной реакции, который может точно обнаруживать различные варианты или линии происхождения коронавируса SARS-CoV-2 в образцах, взятых из носоглотки.

Как сообщает Report со ссылкой на зарубежные СМИ, результаты исследования опубликованы на сервере препринтов medRxiv.org.

Так, новый метод позволяет обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с разрушенной вирусной рибонуклеиновой кислотой (РНК).

Золотым стандартом для обнаружения вирусных вариантов считают методы полногеномного секвенирования нового поколения (NGS). Но образцы для этих методов должны иметь хорошее качество и высокий уровень вирусной РНК. Однако пробы, взятые у пациентов на поздних стадиях COVID-19, часто содержат низкий уровень вирусной РНК. К тому же методы NGS дорогие и недоступны для массового использования.

Авторы разработали метод количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР), который может в реальном времени обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с низким содержанием вирусной РНК или с деградированной РНК, и проверили его в рамках клинического исследования.

Ученые использовали новый метод, который они назвали аллель-специфической зондовой ПЦР, для обнаружения вирусных вариантов в 717 образцах, взятых у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Великобритании, а также в 365 образцах из Бразилии. В первом случае они обнаружили в S-белке вируса мутацию D1118H, характерную для альфа-варианта, а во втором - мутации K417T и L3468V, свойственные гамма-варианту коронавируса.

Метод аллель-специфической зондовой ПЦР показал 98-процентную чувствительность и 100-процентную специфичность для альфа-варианта. Для варианта гамма эти параметры составили 90-95 и 91-100 процентов соответственно.

По словам авторов, еще одно преимущество разработанного метода заключается в том, что он легко модифицируется для нацеливания на новые мутации, которые могут возникнуть в геноме SARS-CoV-2 в будущем, что очень важно для оперативного отслеживания распространения новых штаммов коронавируса.